Bereits Ende des 10. Jahrhunderts wird der "Hangintenstein", der hängende Stein, als östlichster Punkt der Besitzungen des Bistums Passau erwähnt. Die vermutlich im 11. oder frühen 12. Jahrhundert erbaute Burg Greifenstein wird urkundlich im Jahr 1135 genannt. Herrschaft und Burg gehörten bis 1803 den Bischöfen von Passau. Von der hochmittelalterlichen Anlage des 12. Jahrhunderts stammt noch der mächtige quadratische Bergfried und im Kern der Palas. Die Burgkapelle ist für das 14. Jahrhundert bezeugt.
In der Renaissancezeit wurde die mittelalterliche Anlage erweitert und unter anderem das Vorwerk auf halber Hanghöhe angelegt. Seit dem 16. Jahrhundert war die Burg vor allem ein berüchtigtes Gefängnis des kirchlichen Gerichts, wo Geistliche und Laien ihre Kerkerstrafen im Turmverlies abbüßen mussten.
Im 18. Jahrhundert wurde die Burg aufgegeben und begann zu verfallen. Ihr heutiges Aussehen geht auf die Renovierung Anfang des 19. Jahrhunderts unter Johann I. von Liechtenstein zurück. Er erwarb nach Ende der Passauer Herrschaft (1803) das alte Schloss und ließ die Burganlage 1807 und 1808 unter Einbeziehung älterer Bauteile innen und außen im Stil der Romantik wiederherstellen, wobei Struktur und Charakter der hochmittelalterlichen Anlage erhalten wurden. Unter anderem wurden der Torbau mit Pechnase, eine Galerie und eine Aussichtsterrasse angelegt und die Innenräume gotisierend gestaltet. Greifenstein wurde durch die Neugestaltung zu einer "Ritterburg" im Stil der Romantik nach den Mittelalter-Vorstellungen des 19. Jahrhunderts. Die Innenausstattung erfolgte um 1850 mit großteils aus Schloss Seebenstein stammenden Kunstobjekten und Waffen.
Ende des 19. Jahrhunderts verfiel die Burg erneut und wurde 1918 von den Liechtenstein verkauft. Eine umfangreiche Renovierung erfolgte 1931 durch den Besitzer Maximilian Mautner, der auch die zwei imitierten Fenster - ein zweiteiliges gotisches und dreiteiliges romanisches - an der Außenwand einbauen ließ. Seit 1960 ist die gut erhaltene Burg ein Gastgewerbeunternehmen.