Der südöstlich der Pfarrkirche stehende Karner ist dem Hl. Leonhard geweiht. Es handelt sich dabei um einen zweigeschoßigen Rundbau mit einem zum Teil unterirdischen Untergeschoß, das als Ossarium (Raum zur Aufbewahrung der Gebeine aus den aufgelassenen Gräbern des Friedhofs) diente. Der Kapellenraum im Obergeschoß ist über eine Treppenanlage zugängig und besitzt im Osten eine Apsis. Das Portal im Westen ist in einen Vorbau eingetieft. Der von Rundsäulen getragene Kapitellfries ist unterschiedlich gestaltet: Blatt-, Knospen- und Blätterkapitelle bilden eine abwechslungsreiche Gliederung. Der Bau weist wie die Pfarrkirche tilistische Beziehungen zu Bayern und Ungarn auf.
Erbaut wurde der Rundbau in der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts (eine Restaurierung erfolgte 1823). Der Bau des Karners könnte mit der Teilnahme eines Mitgliedes der Stifterfamilie an dem Kreuzzug von 1217-1219 zusammenhängen. Auch Herzog Leopold VI. gelobte für eine glückliche Heimkehr aus diesem Kreuzzug den Bau eines Karners in Klosterneuburg.