Der Kreuzgang ist im wesentlichen in zwei Etappen entstanden: Ost- und Südtrakt wurden um 1250 errichtet. Die einfachen Dreipaßformen, die die Fenster beschließen, ähneln jenen im Kreuzgang des Stiftes Heiligenkreuz. Unter Propst Stephan von Sierndorf (1317 - 1336) wurden nach einem Brand der Nord- und der Westflügel vollendet und das Brunnenhaus errichtet (nach 1330). Hier finden sich bereits spitzbogige Fenster mit geometrischem Maßwerk. Für diesen Teil des Kreuzgangs ließ der Propst prachtvolle Glasgemälde anfertigen, auf denen er selbst mehrfach darstellt ist.
Immer wieder wurde der Kreuzgang durch Ein- und Umbauten verändert, so schon 1394 durch den Einbau der Wehingerkapelle und 1637 im Zuge von Umbauten durch Giovanni Battista Carlone. Bei der Restaurierung durch Friedrich von Schmidt in den Jahren 1869 bis 1881 wurde der baufällige Südflügel des Kreuzganges unter Verwendung originaler Teile weitgehend neu errichtet.
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