Die Pfarrkirche von Schöngrabern enstand um 1210/30 als einschiffiger spätromanischer Bau und ist aus der passauischen Mutterpfarre St. Agatha in Hausleiten hervorgegangen. Die Bauherren sind nicht bekannt, möglicherweise die Kuenringer, in deren Besitz sich die Kirche bis zum Ende des 13. Jahrhunderts befunden haben könnte, oder auch die Lengenbacher, die Domvögte von Regensburg. Wegen der romanischen Reliefdarstellungen aus dem frühen 13. Jahrhundert zählt die Kirche zu den wichtigsten sakralen Baudenkmälern Österreichs (siehe den EIntrag unter "Apsis der Pfarrkirche von Schöngrabern"). Ob die Initiative zum Bau der Kirche vom Lehensherrn ausging und ob das künstlerische Konzept mit seinem reichen Skulpturenschmuck an der Außenseite der Apsis vom Bistum Passau oder von einem der Klöster beeinflusst wurde, ist ungeklärt.
Der kleine Innenraum verfügt über kunstvolle und klare architektonische Gestaltung. Durch stufenweise Verjüngung des Mauerwerks erfolgt eine Konzentration auf den Altarraum. Die Länge der Kirche von 16,6 m und die Breite von 8,6 m entsprechen einem Zahlenverhältnis von 2:1. Langhaus, Chorquadrat und eingezogene Rundapsis bestehen aus unverputztem Quadermauerwerk mit umlaufendem, fein profiliertem Sockelgesims. Eine weitere Gliederung der Architektur erfolgt durch profilierte Kordon- und Traufgesimse mit Rundbogenfriesen. In der Apsis sind eine romanische Sakraments- und eine Lavabonische mit Flechtbandumrahmungen erhalten. An der linken Wand des Kirchenschiffes ist ein mächtiger Christophorus mit Hermelinmantel und Herzogshut zu bewundern. Das Fresko wird um 1350 datiert. Die an der gegenüber liegenden Wand befindliche Darstellung des die Sünden aufschreibenden Teufels sowie die Fresken im Chorquadrat werden um 1330 datiert (Schutzmantelmadonna, hll. Katharina, Margarete, Wolfgang und Oswald). Am Ende des 18. Jahrhunderts wurden das westliche Joch mit der Vorhalle und die Empore sowie der Westturm errichtet. Ein 1960 in dem Abbruchmauerwerk der ehemaligen südlichen Sakristei gefundenes Kapitell kann, gemeinsam mit der originalen Basis, im Lapidarium besichtigt werden.