Die den Heiligen Maria Magdalena und Rupert geweihte Pfarrkirche von Scheiblingkirchen ist einer der wenigen romanischen Rundbauten in Niederösterreich. Die von den Herren von Gleissenfeld errichtete Kapelle wurde vor 1164, möglicherweise um 1147, gemeinsam mit der Kirche von Thernberg von Erzbischof Eberhard I. von Salzburg den Heiligen Maria Magdalena und Rupert geweiht. Seit Mitte des 15. Jahrhunderts war die Kirche gemeinsam mit der Mutterpfarre Pitten dem Augustiner-Chorherrenstift Reichersberg (OÖ)inkorporiert. 1783/84 wurde sie selbstständige Pfarre.
Der zylindrische Bau mit Kegeldach und eigens überdachter Rundapsis ist aus mächtigen unverputzten Quadersteinen geschichtet und misst 11 m im Durchmesser. Das Innere ist ein Zentralraum mit Bandrippengewölbe und einem annähernd halbrunden Triumphbogen. Das Gewölbe mit den wuchtigen Bandrippen gehört - mit jenen der Pfarrkirche Thernberg und der Burg Liechtenstein - zu den frühsten Rippengewölben im nicht-klösterlichen Sakralbereich.
In den 1970er Jahren wurden Wandmalereien aus dem 14. Jahrhundert freigelegt (Marienkrönung 3. Viertel 14. Jh., Christus Panktokrator um 1300), die 1996/97 restauriert wurden. Die Kirche ist von Resten einer mittelalterlichen Kirchhofmauer aus Bruchsteinmauerwerk umgeben.
Im 18. Jahrhundert wurde das Kircheninnere barockisiert (1754), 1862 erhielt sie einen Glockenturm und einen Kappellenanbau mit Walmdach. 1930 erfolgte eine Ausmalung durch Leopold Daringer. Nach der Zerstörung der Malereien durch ein Erdbeben wurde die Kirche 1972 reromanisiert.