Der zumindest seit dem 14. Jahrhundert bestehende Freihof gelangte nach zahlreichen Besitzerwechseln 1579 in den Besitz der Herbersteins, die hier bis 1643 begütert waren und einen ersten barocken Umbau des mittelalterlichen Gebäudes vornahmen. Ihnen folgten die Grafen Meggau. Mitte des 17. Jahrhunderts gelangte das Schloss durch Heirat an das Grafengeschlecht Kollonitz von Kollograd. Graf Sigismund von Kollonitz verkaufte das Schloss 1725 an Kaiser Karl VI.  Als Dank für den Sieg über die Osmanen und als Entschädigung für den Verzicht auf die Generalstatthalterschaft der Niederlande schenkte Kaiser Karl VI. seinem erfolgreichen Feldherrn Prinz Eugen von Savoyen 1725 die Herrschaft Obersiebenbrunn. Dieser ließ das Schloss umbauen und vom französischen Gartenarchitekten Dominique Girard einen Park mit Fasangarten und Teichen anlegen. In dessen Mitte errichtete Johann Lukas von Hildebrandt 1728 einen Gartenpavillon, den der Augsburger Jonas Trentwett im Inneren mit Groteskenmalereien schmückte.

Nach dem Tod Prinz Eugens kauften die Grafen Kollonitz, die ehemaligen Besitzer des Ansitzes, das Schloss zurück. 1874 kam es in den Besitz der Erzdiözese Wien und diente ab 1914 bis in die 60er Jahre als soziales Zentrum für Frauen und Mädchen, das von der Kongregation der Schwestern vom Guten Hirten betrieben wurde. In der Folge kam es in Privatbesitz, bis es 1999 die Gemeinde erwarb. 2001 kaufte die altorientalische christlich-koptische Gemeinschaft den Komplex, der jetzt als Kloster "St. Antonius" dient.