823 findet sich in einer Urkunde die Nennung von "basilicas duas ad Artagrum". Das Kollegiatsstift wurde 1049 gegründet. Es stellte eine Schenkung Kaiser Heinrichs III. an Bischof Nitger von Freising dar. Die Weihe fand 1063 statt. Anstelle der heutigen, der hl. Margaretha geweihten Kirche befand sich ursprünglich eine dreischiffige, flach gedeckte frühromanische Pfeilerbasilika, welche noch teilweise in den Umfassungsmauern erhalten ist.
Die heutige Stiftskirche ist eine spätromanische, fünfjochige Pfeilerbasilika aus dem 2. Viertel des 13. Jahrhunderts. Krypta und Chor wurden unter Propst Heinrich zwischen 1224 und 1240 erbaut. Ihn als Stifter zeigt das Margarethenfenster . Das Kirchenmodell, das er in Händen hält, weist allerdings eine Doppelturmfassade an der Westseite auf, die nicht ausgeführt wurde. Der Chor ist etwas schmäler als das Langhaus und schließt rechteckig ab. Wegen der darunter liegenden spätromanischen Hallenkrypta ist der Chor gegenüber dem restlichen Kirchenraum um 12 Stufen erhöht.
In der dreischiffigen Krypta mit zwei Reihen zu je sieben Säulen haben sich Wandmalereien aus dem 13. Jahrhundert erhalten. Das Strebewerk des Chores gehört zu den ersten derartigen Konstruktionen in Österreich und ist in seiner Gesamtheit einzigartig. Das Westportal der Kirche und der Kreuzgang entstanden in der Zeit um 1400.
Der heute noch bestehende Turm im Südwesten der Kirche wurde erst 1804-06 im Stil des Klassizismus errichtet.
Der Umbau der Stiftskirche unter Propst Heinrich zählt zu den wichtigsten Bauvorhaben des Bistums Passau.