Das Zisterzienserstift Zwettl wurde von Hadmar I. Kuenring 1137 gestiftet. Etwa ab 1138 dürften die Bauarbeiten zu Kloster und Kirche begonnen haben. Die romanische Pfeilerbasilika wird 1159 geweiht. Zahlreiche Stiftungen unter anderen von Hadmar II. von Kuenring führen zu weiteren Bauten wie dem Armenspital mit der Johanneskapelle, dem Gästehaus sowie dem Kreuzgang, dessen Baubeginn vor 1217 angesetzt wird. Die wichtigsten aus dem Mittelalter erhaltenen Bauten des Klosters sind die dreischiffige gotische Hallenkirche (siehe separater Eintrag), der frühgotische Kreuzgang, das vor 1180 erbaute Kapitelhaus sowie das gotische Dormitorium.
Der Kreuzgang ist eines der ersten Beispiele frühgotischer Architektur in Österreich, bei dem zahlreiche französische Einflüsse verarbeitet wurden. Durch die Verwendung verschiedenfarbiger Steinarten (Granit, Sandstein, Marmor) und durch eine äußerst abwechslungsreiche Modellierung wurde ein dekoratives und sehr lebhaft-plastisches Gliederungssystem geschaffen. Ab 1210 etwa beginnt der Bau des Nord- und Ostganges, während West- und Südgang wohl erst um 1230/40 vollendet werden konnten.
Das Kapitelhaus ist eines der ältesten erhaltenen Zisterzienser-Kapitelhäuser. Es handelt sich um einen quadratischen Zentralraum mit Mittelstütze, der bereits vor 1180 erbaut wurde. Die Wände bestehen aus fein behauenem Quadermauerwerk mit gefärbten Fugenbändern. Besonders bemerkenswert ist der Mittelpfeiler, dessen Pfeilerhaupt mit je vier Dreiviertelsäulchen, die eigene reliefierte Kapitelle tragen, abgeschlossen wird.
Zwischen 1318 und 1337 entstand das sogenannte Neue Dormitorium im Südflügel des Klostertraktes. Der dreigeschoßige kastenförmige Bau hatte ursprünglich einen freistehenden polygonalen Schluss im Osten. 1979 wurden im Obergeschoß elf kleine gotische Rechteckfenster mit Dekorationsmalerei freigelegt.