Die heutige Stiftskirche Mariae Himmelfahrt ist eine dreischiffige gotische Hallenkirche mit Umgangschor und Kapellenkranz. Dieses Hauptwerk der österreichischen Hochgotik stammt aus dem 14. Jahrhundert. Es wird das kathedrale Grundrissschema der französischen Zisterzienserarchitektur aus dem 12. Jahrhundert hier erstmals mit einem Hallenaufriss verbunden.
Die barocke Fassade der Kirche ist ein Hauptwerk Matthias Steinls. Die Umrisse der 1159 geweihten romanischen Stiftskirche konnten in den 1970er Jahren teilweise ergraben werden. Ab dem Jahr 1341 gibt es verschiedene Stiftungen für den Neubau des Chores, Ludwig von Öttingen legte 1343 den Grundstein. Vermutlich aufgrund der damals grassierenden Pest konnten die Bauarbeiten erst nach 1360 abgeschlossen werden.
Nachdem in den folgenden Jahrhunderten keine tiefgreifenden Umgestaltungen vorgenommen worden waren, erfolgte unter Abt Melchior Zaunagg ab 1722 der hochbarocke Umbau der Stiftskirche und die bemerkenswerte einheitliche barocke Ausstattung. Im Chor befindet sich eine außergewöhnlich reiche, den gesamten Chorraum bis zu den östlichen Langhausjochen in ein Gesamtkonzept einbindende hochbarocke Einrichtung, deren Prunkstück zweifellos der Hochaltar ist. Die Ausstattung erfolgte unter Beteiligung von Mathias Steinl, Josef Munggenast, Josef Mathias Götz, Jakob Schletterer, Martino Altomonte, Paul Troger, u.a. Für den Hochaltar schuf Mathias Steinl 1726 ein Modell, das in einer Variation von Josef Munggenast ab 1731 verwirklicht wurde. Der Altar aus rotem und grauem Marmor mit weiß gefassten Skulpturen nimmt die gesamte Höhe des Chores ein und schirmt diesen gegen den Umgang ab. Das reiche zwischen den Vierungspfeilern eingestellte Chorgestühl von 1728 ist ein Werk Zwettler Laienbrüder.