Die unter der Bibliothek gelegene Krypta ist ein fünfjochiger Raum, dessen Wände und Gewölbe zur Gänze mit Malereien bedeckt sind und von Schülern Paul Trogers ausgeführt wurden. In der Sockelzone finden sich Muscheln, Erdschollen etc., auf den Wänden und im Gewölbe Grotesken und an den Gurtbögen Totentanz-Szenen, die den Gläubigen an die Vergänglichkeit des Lebens mahnen sollen.