Ortsgeschichte
Die Römerstadt Mautern war im ersten Jahrtausend eines der bedeutendsten Zentren an der Donau. Ende des 1. Jahrhunderts entstand im Zusammenhang mit der Errichtung des Donaulimes als nördlicher Grenze des Reiches hier ein Militärlager (Favianis), bald darauf auch eine Zivilstadt. In Favianis waren die II. Legio Italica und die I. Legio Noricorum stationiert. Im 4. und 5. Jahrhundert war Favianis noch eine mit Mauern befestigte Siedlung, wo der hl. Severin (gest. 488) wirkte. Er schützte die von Wein- und Obstbau lebende Bevölkerung gegen die auf der anderen Seite der Donau siedelnden Rugier und gründete ein Kloster. Auch in den folgenden Jahrhunderten blieb Mautern eine Handels- und Zollstation und hatte in der Karolingerzeit eine dominierende Stellung am Ausgang der Donau aus der Wachau. In der Raffelstetter Zollordnung (903-906) wird Mutarun erstmals urkundlich genannt.
Die Entwicklung der Stadt im Mittelalter war engstens mit dem Bistum Passau verbunden, dem Mautern ab dem 10. Jahrhundert unterstand, bis die Herrschaft 1710 an die Grafen Schönborn gelangte. Sitz der Passauer Bischöfe war das Schloss, das unter Bischof Wolfgang Graf Salm Mitte des 16. Jahrhunderts großteils erneuert wurde.
Im Jahr 1083 stattete Bischof Altmann von Passau das von ihm gegründete Stift Göttweig mit Besitz in Mautern aus und übergab dem Kloster die um 1050 gegründete Pfarre St. Stephan. Vom großen Pfarrbezirk wurden im 12. Jahrhundert vier neue Pfarren abgetrennt, 1784 auch Brunnkirchen und Unterbergern. Seit 1348 ist die Pfarre mit allen Rechten dem Stift Göttweig inkorporiert. Die um 1400 ausgebaute und später barockisierte Pfarrkirche ist die bedeutendste Sehenswürdigkeit der Stadt. In ihr befindet sich das Grabmal von Johann Schmidt, Vater des Kremser Schmidt, der um 1770 die 14 Stationsbilder des Kreuzwegs schuf, die zu den Hauptwerken des Künstlers zählen.
Außer Göttweig erhielt auch das Chorherrenstift St. Nikola in Passau von Bischof Altmann Besitz in Mautern und errichtete später hier den Nikolaihof als Lesehof. Schon 1213 wird in Mautern ein Richter namens Rudger erwähnt, 1277 erhielt der Mauterner Stadtrichter mit dem Blutbann das Recht zur Ausübung der Hochgerichtsbarkeit. Ein Jahr zuvor hatte der Bischof von Passau das Recht erhalten, den Ort zu befestigen. Die Stadtmauer - im Mittelalter sichtbares Zeichen einer Stadt - folgte weitgehend der römischen Befestigung, nur bei der Pfarrkirche und beim Schloss reichte die Mauer über das ehemalige Kastell hinaus. 1467 verlieh Kaiser Friedrich III. auf Wunsch des Passauer Bischofs der Stadt ein Wappen mit dem passauischen Wolf.
Die von alters her bestehende Mauterner Donauüberfuhr (Urfahr) hatte bis zum Brückenbau im Jahr 1463 große wirtschaftliche Bedeutung, auch wenn Mautern im Laufe des Mittelalters seine wichtige Stellung an der Donau an die Doppelstadt Krems-Stein verlor. 1463 gestattete Kaiser Friedrich III. Krems und Stein den Bau einer Brücke. Die Holzbrücke - das „hülzerne Gattern" - wurde zum Wahrzeichen des Stroms. Sie wurde durch Hochwasser, Eisstoß oder in Kriegszeiten immer wieder beschädigt und aus strategischen Gründen mehrmals zum Teil abgetragen oder verbrannt. 1895 wurde unweit der alten Brücke eine Eisenbrücke errichtet, die im Mai 1945 zerstört, aber noch im selben Jahr wieder aufgebaut wurde. Über diese Brücke rollte bis zur Eröffnung der neuen Donaubrücke 1974 der gesamte Verkehr nach Krems.
Mit dem Decret des niederösterreichischen Landeschefs vom 7. Juli 1849 über die Durchführung der Gerichtsorganisation wurde der Gerichtsbezirk Mautern eingerichtet. Der Gerichtsbezirk wurde 1924 aufgelöst und dem Gerichtsbezirk Krems an der Donau zugewiesen.
An die römische Geschichte Mauterns erinnern eindrucksvoll die Mauern des mächtigen hufeisenförmigen Wachturms des Kastells und das Römermuseum Favianis, das sich seit 1997 im barocken Schüttkasten befindet.