Ortsgeschichte
Der Ort, am Rande der Donauauen im südlichen Marchfeld gelegen, entstand an einer Stelle, an der Furten die Überquerung der Donau ermöglichten. Schon in vorchristlicher Zeit nützte die Bernsteinstraße, der alte Handelsweg, der die Ostsee mit Italien verband, die Furten. Die Römer errichteten hier einen Brückenkopf an der Donau. Im Augebiet des „Schanzhaufens“, nahe der Einmündung des Roßkopfarmes in die Donau, finden sich noch Mauerreste, die allerdings nur bei Niederwasser zu sehen sind.
In einer im Stift Melk aufbewahrten, um 1062 anzusetzenden Urkunde taucht der Ortsname erstmals auf: Markgraf Ernst von Österreich bestätigte darin die Schenkung des Eigengutes Weikendorf an das Stift. Unter den Grenzmarken scheint Stopfenreuth auf. Kaiser Heinrich IV. übertrug 1067 Bischof Altmann von Passau u.a. auch das Dorf Stoutpharrich. Um 1200 dürfte hier eine Pfarre bestanden haben. Die heute abgekommene Festung zu Stopfenreuth war bis nach 1354 Stammsitz der Herren von Gerlos. In Urkunden des Stiftes Lilienfeld treten ein Lutwinus de Stupherich (1264) und ein Hermannus de Stuoetpherrich (1285) als Zeugen auf. 1361 kam die Burg in den Besitz der Eckartsauer. Bereits um 1500 dürfte die Burg öde gewesen sein. Nach dem Tod des letzten Eckartsauer ging der Ansitz in den Besitz der Polheimer über und um 1547 in den der Familie Prankh.
Um 1411 erhielt Stopfenreuth das Marktrecht zugesprochen. An jedem Dienstag war Wochenmarkt; der Jahrmarkt fand zu Pankraz – am 12. Mai – statt. Ab 1629 gehörte der Ort zur Herrschaft Markthof. 1658 vernichtete ein verheerendes Hochwasser die Ansiedlung. Der damalige Besitzer Freiherr von Lamberg ließ den Ort neu anlegen. Mit dem Erwerb der Herrschaft Schloßhof kam Prinz Eugen in den Besitz von Stopfenreuth, das seit 1661 zu dieser Herrschaft gehörte. Prinz Eugen zeichnete auch für die Errichtung des neuen Prangers verantwortlich. Zur Renovierung bzw. zum Neubau der baufällig gewordenen hölzernen Kirche spendete er Baumaterial. Er erlaubte auch das Anlegen eines Friedhofes. Bis zu diesem Zeitpunkt fanden die Toten im Friedhof zu Engelhartstetten ihre letzte Ruhe. Nachdem die Herrschaft Schloßhof mit ihren Schlössern Schloßhof und Niederweiden in den Besitz der Habsburger übergegangen war, spendete Maria Theresia für den Ausbau der Kirche 1124 Gulden. Im Zuge der Pfarrregulierung unter Kaiser Josef II. wurde die Pfarre 1784 neu errichtet. Der Pfarrer wurde im Käsmacherhof (Stopfenreuth Nr. 13) untergebracht, der im Besitz der Gemeinde war. Im Erdgeschoß befanden sich Räume für die Schule, den Lehrer und den Halter. Ein neues Schulhaus konnte 1792 aus Mitteln der Dier’ischen Stiftung errichtet werden.
Von der schweren Hochwasserkatastrophe des Jahres 1830 war auch Stopfenreuth betroffen. Ende Februar hatte sich auf der Höhe von Stadlau ein gewaltiger Eisstoß gebildet. Als dieser am 1. März brach, ergossen sich die Wassermassen über das Marchfeld und flossen bei Stopfenreuth wieder in die Donau. Die Familien flüchteten zunächst auf die Dachböden der ebenerdigen Häuser; als die Gebäude einzustürzen drohten, wurden die Menschen mit Zillen geborgen und in den Pfarrhof bzw. in das Jägerhaus gebracht. Das waren die einzigen einstöckigen Häuser im Ort. Acht Tage musste man dort ohne Nahrung in der Kälte ausharren. Elf Häuser wurden völlig zerstört, die anderen schwer beschädigt. Hausrat, Stallungen, Vieh und Ernteerträge hatten die Wassermassen mit sich gerissen. Laut Schweickhardt in seiner „Darstellung des Erzherzogthums Österreich unter der Ens“ verfügte der Ort nach der Hochwasserkatastrophe über 37 Häuser mit 41 Familien. Der Viehbestand belief sich auf 98 Pferden, 36 Ochsen, 180 Kühen, 140 Schafen, 6 Ziegen und 25 Schweinen. 1835 vernichtete ein Brand elf Häuser. Erst durch die Donauregulierung ab 1870 und den Bau des Marchdammes ab 1882 konnte die Hochwassergefahr gemindert werden. Die bis 1848 in herrschaftlichem Besitz befindliche Fähre ging 1848 in den der Gemeinde über. 1922 wurde die Plätte durch eine Fähre ersetzt.
Am 7. September 1970 fasste die Gemeinde den Beschluss, sich mit den Gemeinden Engelhartstetten, Groißenbrunn, Loimersdorf und Markthof zur Großgemeinde Engelhartstetten zusammenzuschließen. Am 20. Dezember fand die letzte Gemeinderatssitzung statt.